Łysa Góra istniała prawdopodobnie już w XIV wieku, chociaż najstarszy 
dokument wymieniający jej nazwę pochodzi z 1490 roku. Wieś, będąca 
własnością Bogoriów, Wojszyków, Stadnickich, dzieliła w swej historii losy dóbr 
tych rodów. Z rejestrów podatkowych wynika, że w 1581 stanowiła własność lub 
była we władaniu Tarnowskich. 


Łysa Góra często była niszczona podczas napadów zbójeckich, podobnie jak 
sąsiedni Stary Żmigród. Przez lata beskidnicy zrabowali we wsi ponad 120 sztuk 
bydła i koni. Duże ciężary osada ponosiła też w czasie działalności 
konfederancji barskiej, a także podczas zaborów. U schyłku XIX wieku 
zamieszkana była przez 703 osoby. 


Cmentarz wojenny nr 9 w Łysej Górze, widok współczesnyW czasie pierwszej 
wojny światowej, pomiędzy grudniem 1914 a majem 1915, miały tu miejsce 
walki między wojskami rosyjskimi a niemieckimi. Poległych żołnierzy 
pochowano na cmentarzu założonym w południowo-wschodniej części wsi, po 
prawej stronie drogi Nowy Żmigród-Dukla, kilkadziesiąt metrów od niej. W 33 
grobach i jednej mogile zbiorowej spoczywają Niemcy i Rosjanie polegli w szarży 
kawalerskiej. Cmentarz, zaprojektowany przez Duana Jurkowida, zdobi obelisk 
kamienny z płytą inskrypcyjną z niemieckim napisem. 

Podczas drugiej wojny światowej Łysa Góra znalazła się na linii krwawych walk 
1944 roku. Mieszkańcy wsi zostali wtedy wysiedleni. Wycofujący się pod 
naporem Rosjan Niemcy podpalili większość znajdujących się w Łysej Górze 
domów oraz szkołę